Depois do sistema rodoviário, o hidroviário é o mais caro de se recuperar em Mato Grosso do Sul, segundo a CNT. O Estado precisa de aproximadamente R$ 2,8 bilhões para abertura de canais, ampliação de profundidade e dispositivos de transposição dos rios.
Três grandes obras ligariam MS à importantes hidrovias do País, ampliando mercados, como as do Araguaia, do Tocantins, do Paraguai e do Paraná-Tietê. Entre Coxim e Costa Rica, a Confederação sugere a abertura de um canal entre os rios Taquari e Araguaia; entre Coxim e Rio Verde a abertura de canal entre rios Taquari e Verde e, entre Miranda e Ivinhema, a abertura de canal entre os rios Miranda e Ivinhema.
A CNT indica ainda a ampliação de profundidade nas hidrovias dos rios Paraná e Paraguai, envolvendo Três Lagoas, Foz de Iguaçu, Cáceres e Corumbá. E, também a modernização da eclusa de Porto Primavera, em Batayporã.